市科协机关工作人员编制40人，内设办公室、学会学术部、科学普及部（企事业联络部）、国际交流部、计划财务处、组织人事处等六个职能部门。按照中央和省的工作安排，2006年底，广州市成立了全民素质工作领导小组，办公室设在市科协，负责日常工作。
市科协下属事业单位有广州科技贸易职业学院、广州市科学技术普及中心、广州市青少年科技中心（广州青少年科技馆与其合署办公）、【www.95998888.com】九五至尊官网-95998888九五至尊机关服务中心、【www.95998888.com】九五至尊官网-95998888九五至尊信息中心、【www.95998888.com】九五至尊官网-95998888九五至尊创新与交流中心（挂广州院士活动中心牌子）、广州市科技咨询中心等八个事业单位。